Organ podatkowy powinien wyjaśnić, dlaczego wstrzymuje cały zwrot VAT, a nie tylko część

Przepisy wskazują tylko ostateczne terminy, w jakich należy dokonać zwrotu całości należnej kwoty, nie zastrzegając, że zwrot musi nastąpić jednorazowo. Przedłużenie terminu jedynie co do części zwrotu jest uzasadnione zwłaszcza wtedy, gdy wątpliwości organu budzi niewielki ułamek zwrotu. Jeżeli w ocenie organu pozostała cześć zwrotu nie budzi zastrzeżeń, to winna być ona zwrócona, niezależnie od wydanego na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT postanowienia dotyczącego pozostałej części.

Praktyka ta jest korzystna nie tylko dla podatnika, bowiem wcześniejszy zwrot kwoty niebudzącej wątpliwości zabezpiecza organy podatkowe przed koniecznością zapłaty odsetek od tej części nadwyżki. Natomiast postanowienie przedłużające zwrot całości nadwyżki VAT powinno zawierać wskazanie przyczyn, dla których przedłużeniem objęto całość kwoty.

Uzasadnienie postanowienia o przedłużeniu terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym musi więc zawierać nie tylko konkretne przyczyny dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu, ale także wskazywać przynajmniej przybliżoną wartość transakcji wymagających dodatkowej weryfikacji. Brak tych elementów uniemożliwia dokonanie oceny czy przedłużenie terminu zwrotu całości nadwyżki jest uzasadnione.