Zapłata VAT wykazanego na drugiej z faktur dokumentujących tę samą sprzedaż

Jak stanowi art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Przepis ten ma zastosowanie między innymi w przypadku wystawienia przez podatników tzw. pustych faktur, tj. faktur dokumentujących czynności, które w rzeczywistości nie miały miejsca. Taką właśnie fakturą jest w przedstawionej sytuacji druga z wystawionych faktur.

Z orzecznictwa sądów administracyjnych wynika, że kwoty, o których mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, nie powinny być wykazywane przez podatników w składanych przez nich deklaracjach VAT (lecz powinny być wpłacane przez podatników bez wykazywania w deklaracjach VAT). Stanowisko takie NSA zajął między innymi w wyrokach z: 30 stycznia 2009 r. (sygn. I FSK 1658/07), 19 stycznia 2010 r. (sygn. I FSK 1759/08), 19 czerwca 2012 r. (sygn. I FSK 1318/11) oraz 1 lipca 2015 r. (sygn. I FSK 556/14).

A zatem w przedstawionej sytuacji druga z wystawionych faktur nie powinna być przez podatnika wykazywana w ewidencji VAT ani w pliku JPK_VAT, lecz VAT w niej wykazany powinien zostać zapłacony bez wykazywania w ewidencji VAT oraz w pliku JPK_VAT.

Zapłata ta powinna zostać dokonana na indywidualny rachunek podatkowy (mikrorachunek podatkowy) podatnika, gdyż do kwot wpłacanych na ten rachunek należą między innymi kwoty podatku wynikające z innych rozliczeń w podatku od towarów i usług (oznaczane symbolem VAT-In). Pojęcie to obejmuje między innymi kwoty podatku wykazane na fakturach, które podatnicy obowiązani są zapłacić na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.

Z przepisów nie wynika przy tym, aby przedmiotowej wpłacie towarzyszył obowiązek sporządzania jakiegokolwiek pisma do urzędu skarbowego. W konsekwencji spółka może dokonać przedmiotowej wpłaty bez sporządzania takiego pisma. Nie ma jednak przeszkód, aby pismo takie wystosowane zostało przez spółkę do urzędu skarbowego dobrowolnie. Przy czym takim pismem spółki nie może być zawiadomienie dokonywane w ramach czynnego żalu, gdyż zawiadomienia takie mogą być dokonywane wyłącznie przez osoby fizyczne.

Niemniej jednak zasadne jest dokonanie zawiadomienia w ramach czynnego żalu przez osobę fizyczną, która wystawiła drugą z faktur. W grę bowiem wchodzi uznanie wystawienia tej faktury za czyn zabroniony polegający na wystawieniu faktury w sposób nierzetelny. Dokonanie przez osobę fizyczną, o której mowa, zawiadomienia w ramach czynnego żalu wyłączy ryzyko pociągnięcia jej z tego tytułu do odpowiedzialności.