Sprawdź, na czym polegają zmiany w zakresie wystawiania faktur ustrukturyzowanych

Krajowy System e-Faktur (KSeF) umożliwia wystawianie i udostępnianie faktur ustrukturyzowanych. W początkowym okresie faktury ustrukturyzowane będą funkcjonowały w obrocie gospodarczym jako jedna z dopuszczanych form dokumentowania transakcji, obok faktur papierowych i obecnie występujących w obrocie gospodarczym faktur elektronicznych.

Przedstawione przez ustawodawcę rozwiązania mają na celu dalsze uproszczenie rozliczania VAT. Zmiany w tym zakresie dotyczą uproszczeń w wystawianiu faktur korygujących, w tym zmniejszenia liczby elementów takiej faktury, faktur zaliczkowych oraz fakultatywnego stosowania duplikatów faktur.

Na dzień dzisiejszy KSeF ma charakter fakultatywny. Taka forma dokumentowania sprzedaży jest od 2022 roku jedną z dopuszczalnych form dokumentowania transakcji, obok faktur papierowych i obecnie występujących w obrocie gospodarczym faktur elektronicznych.

Otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF wymaga akceptacji odbiorcy takiej faktury. Wyrażanie zgody powinno odbywać się na identycznych zasadach, jakie obowiązują dla faktur elektronicznych. System nie będzie obsługiwał procesu akceptacji nabywcy co do sposobu otrzymania faktur ustrukturyzowanych.

W sytuacji gdy odbiorca faktury ustrukturyzowanej nie wyrazi zgody na jej otrzymanie przy użyciu KSeF, wystawca zachowa prawo do wystawienia faktury ustrukturyzowanej w systemie, a wystawioną w ten sposób fakturę będzie zobowiązany przekazać odbiorcy w inny uzgodniony z nim sposób, np. e-mailem w postaci elektronicznej lub papierowej.

Taka faktura zachowa walor faktury ustrukturyzowanej, ponieważ będzie posiadała jej ustawowe cechy (numer identyfikacji w systemie KSeF). Przyjęte rozwiązanie pozwoli wystawcy faktury na skorzystanie z preferencji podatkowych (tj. 40-dniowego terminu zwrotu podatku oraz rozliczenia korekty in minus za okres wystawienia faktury korygującej), również w przypadku braku zgody odbiorcy faktury ustrukturyzowanej na jej otrzymanie w KSeF.

Do faktur ustrukturyzowanych nie mają zastosowania przepisy regulujące zasady wystawiania duplikatów faktur (kolejnych egzemplarzy faktury), określone w art. 106l ustawy o VAT. Tego typu faktury będą przechowywane na stałe (przez okres 10 lat) w systemie. Jeżeli odbiorca faktury ustrukturyzowanej nie wyraził zgody na jej otrzymanie w KSeF i faktura ustrukturyzowana, która została mu przekazana w inny uzgodniony z nim sposób ulegnie zgubieniu lub zniszczeniu, odbiorca faktury ustrukturyzowanej będzie mógł wystąpić do wystawcy faktury o jej ponowne przekazanie.

KSeF nie przewiduje możliwości wystawiania i przesyłania not korygujących w postaci ustrukturyzowanej do faktur ustrukturyzowanych, ze względu na ich specyfikę, tj. okoliczność, że faktury te wymagają akceptacji odbiorcy pierwotnej faktury. Podatnik nie został jednak pozbawiony możliwości wystawiania not korygujących. Tego typu dokumenty będą wystawiane i otrzymywane na zasadach dotychczasowych, zgodnie z art. 106k ust. 1-4 ustawy o VAT, tj. poza KSeF.

Ponadto w KSeF nie jest możliwe wystawienie faktur, w odniesieniu do których odrębne przepisy przewidują brak obowiązku ujęcia numeru, za pomocą którego sprzedawca zidentyfikowany jest na potrzeby podatku lub danych umożliwiających jednoznaczną identyfikację nabywcy. W celu każdorazowego ustalenia zakresu elementów gwarantujących możliwość wystawienia dokumentu z wykorzystaniem KSeF zasadne jest odwołanie się do wzoru faktury ustrukturowanej, udostępnionego przez ministra finansów na elektronicznej platformie usług administracji publicznej, zgodnie z art. 106nc ust. 3 ustawy o VAT.

W systemie KSeF nie ma także możliwości wystawiania VAT RR, jak i faktur pro forma. Faktura VAT RR jest szczególnym dokumentem wystawianym w procedurze dotyczącej rolników ryczałtowych i ma na celu udokumentowanie nabycia przez podatnika VAT produktów rolnych lub usług rolniczych od rolnika ryczałtowego.

Pomimo potocznego nazwania tego dokumentu „fakturą VAT RR” nie stanowi on faktury, o której mowa w przepisach Rozdziału 1 Działu XI ustawy o VAT. Podobnie termin „faktura pro forma” jest zwyczajowy (nie występuje w przepisach ustawy o VAT). Wystawienie faktury pro forma nie powoduje skutków w zakresie VAT, tj. obowiązku zapłaty wykazanego w tym dokumencie podatku ani nie stanowi dla kontrahenta podstawy do odliczenia wykazanego w tym dokumencie VAT.

Nowe rozwiązanie jest oparte na modelu poświadczeń, tzn. wymagana jest autoryzacja danej osoby w systemie. Faktury są przygotowywane bezpośrednio w programach finansowo-księgowych podatnika oraz przesyłane do KSeF poprzez API. W tym celu konieczne jest uwierzytelnienie się podatnika w systemie KSeF. Po uwierzytelnieniu się w systemie podatnik może korzystać z KSeF w zakresie przeglądania, wystawiania i otrzymania faktur ustrukturyzowanych, a także może przesłać w formacie.xml lub przekonwertować do PDF dowolną fakturę lub paczkę faktur.

Jak wskazano wcześniej, wszystkie faktury – w tym również faktury korygujące, mogą być sporządzone w systemie księgowo-finansowym podatnika oraz przesłane do KSeF za pomocą API. Po przesłaniu faktury KSeF weryfikuje jej zgodność z wzorem udostępnionym przez ministra finansów i w następstwie pozytywnej weryfikacji przydzieli tej fakturze numer identyfikujący tę fakturę w systemie KSeF. Datą wystawienia faktury ustrukturyzowanej, jaka „zmaterializuje się” na fakturze po przejściu pozytywnej weryfikacji w systemie, będzie data jej przesłania przez wystawcę faktury do KSeF.

Numer identyfikujący fakturę w KSeF ma charakter systemowy i nie należy go utożsamiać ze stanowiącym element faktury numerem, o którym mowa w art. 106e ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT. W dniu przydzielenia fakturze ustrukturyzowanej przez system numeru identyfikującego tę fakturę w KSeF będzie ona uznawana za otrzymaną, z wyłączeniem tych sytuacji, w których nabywca nie wyraził akceptacji na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych w KSeF. W takich przypadkach skutki prawne otrzymania faktury będą wywodzone z zasad dotychczas obowiązujących. Faktura ustrukturyzowana będzie mogła być korygowana jedynie w postaci faktury ustrukturyzowanej, czyli wystawionej za pośrednictwem KSeF.

Faktury ustrukturyzowane będą sporządzane (przygotowywane) przez podatnika w lokalnych lub chmurowych systemach finansowo-księgowych według wzoru udostępnionego przez ministra finansów. Mikroprzedsiębiorcy zyskali też dostęp do funkcjonalności oferowanych przez Ministerstwo Finansów. W tym celu została zmodyfikowana aplikacja webowa e-Mikrofirma.

Ustawodawca zakłada, że nowe rozwiązania przyczynią się nie tylko do wzmocnienia kontroli prawidłowości rozliczania VAT, ale także uproszczenia samego procesu kontroli rozliczeń u przedsiębiorców, z uwagi na możliwość zdalnego monitorowania przez organy podatkowe obrotu dokumentowanego fakturami. Nowe regulacje umożliwią także zwiększenie dochodów budżetu państwa w wyniku zakładanego zwiększenia poboru VAT na każdym etapie obrotu towarami i usługami.

Ustawodawca wprowadził dla podatników, którzy wystawiają faktury ustrukturyzowane przy użyciu KSeF, preferencję w postaci skróconego do 40 dni terminu zwrotu podatku VAT – w przypadku spełnienia warunków przewidzianych w tym przepisie. Dla uzyskania zwrotu w terminie 40 dni konieczne jest spełnienie łącznie wszystkich z czterech wymienionych niżej warunków.

1. W okresie rozliczeniowym, w odniesieniu do którego podatnik ubiega się o zwrot VAT, w związku z wykonywaniem czynności, dla których występował obowiązek wystawienia faktur na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 1, 3 lub 4 (w zakresie, w jakim pkt 4 dotyczy otrzymania wcześniejszej zapłaty lub części zapłaty na poczet czynności, o których mowa w pkt 1, tj. sprzedaży, a także dostawy towarów i świadczenia usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywanych na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem, wyłączając czynności, dla których zaliczka nie rodzi obowiązku podatkowego w VAT), oraz uwzględnionych w jego rozliczeniu – podatnik wystawia wyłącznie faktury ustrukturyzowane.

Oznacza to, że uzyskanie zwrotu w terminie 40 dni jest możliwe tylko w przypadku podatników wystawiających w całym okresie rozliczeniowym wyłącznie faktury ustrukturyzowane (chodzi o faktury uwzględnione w rozliczeniu podatnika, co do których w tym okresie powstał obowiązek podatkowy), zgodne ze wzorem określonym dla faktur ustrukturyzowanych.

Przyjęte rozwiązanie oznacza, że faktury ustrukturyzowane muszą być wystawione zasadniczo do czynności, dla których z mocy prawa występował obowiązek udokumentowania za pomocą faktury. Przykładowo w przypadku wystawienia faktury na żądanie osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej (dobrowolnie albo na żądanie nabywcy), nawet jeśli podatnik nie wystawi tej faktury w postaci ustrukturyzowanej, podatnik nadal będzie miał prawo do zwrotu VAT w terminie 40-dniowym, przy spełnieniu pozostałych warunków tego zwrotu.

Obowiązek wystawienia faktur ustrukturyzowanych w przypadku ubiegania się o preferencyjny 40-dniowy termin zwrotu VAT dotyczy również faktur wystawianych w obrocie transgranicznym np. WDT (w tym również WDT nowych środków transportu na rzecz podmiotów innych niż podatnicy), eksport towarów, świadczenie usług opodatkowanych poza terytorium kraju.

Obowiązek wystawienia faktury za pomocą systemu KSeF, w przypadku ubiegania się o preferencyjny 40-dniowy termin zwrotu VAT, dotyczy także faktur wystawianych z tytułu otrzymania całości lub części zapłaty z tytułu czynności, o których mowa w art. 106b ust. 1 pkt 1, z wyłączeniem sytuacji, w których otrzymana zapłata nie wiąże się z powstaniem obowiązku podatkowego w podatku VAT (np. w przypadku WDT).

Zaznaczenia wymaga, że podatnik nie straci prawa do zwrotu w terminie 40-dniowym w przypadku, gdy nabywca nie wyrazi akceptacji na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych przy użyciu systemu KSeF i w efekcie faktura ustrukturyzowana będzie wysłana do nabywcy, zgodnie z projektowanym art. 106g ust. 3b ustawy, w innej uzgodnionej z nim formie.

Jednocześnie zasady zwrotu w terminie 40 dni, zgodnie z art. 87 ust. 6d są dostępne również w przypadku, gdy podatnik w danym okresie rozliczeniowym oprócz faktur wystawionych w KSeF wykazał w rozliczeniu faktury, których nie wystawia się w tym systemie.

Faktury, których wystawienie w systemie nie jest możliwe, cechuje zasadniczo jedna z dwóch właściwości:

odrębne przepisy przewidują brak obowiązku ujęcia numeru, za pomocą którego sprzedawca zidentyfikowany jest na potrzeby podatku lub danych umożliwiających jednoznaczną identyfikację nabywcy,

dokument jest wystawiany przez nabywcę.

W celu każdorazowego ustalenia zakresu elementów gwarantujących możliwość wystawienia dokumentu z wykorzystaniem KSeF zasadne jest odwołanie się do wzoru faktury ustrukturyzowanej udostępnionego przez ministra finansów, na elektronicznej platformie usług administracji publicznej, zgodnie z art. 106nc ust. 3 ustawy o VAT. Dodatkowe odstępstwo dotyczy wystawiania faktur uproszczonych za pomocą kas fiskalnych („paragony z NIP”). Wystawienie tego typu dokumentu nie wpływa na możliwość wystąpienia z wnioskiem o zwrot w terminie 40 dni.

Wystawienie przez podatnika faktury lub faktury korygującej poza systemem KSeF (z wyjątkami jak wyżej, dla których system KSeF nie umożliwia wystawienia faktury w postaci faktury ustrukturyzowanej lub „paragonów z NIP”) powoduje, że w okresie rozliczeniowym, w którym taka faktura została uwzględniona w rozliczeniu, podatnik nie może skorzystać z preferencyjnego 40-dniowego terminu zwrotu VAT.

Zasada ta dotyczy również uwzględnianych w rozliczeniu podatnika faktur, wystawionych na Platformie Elektronicznego Fakturowania (PEF). Faktura wystawiona w systemie PEF, który służy do przekazywania faktur i innych dokumentów między wykonawcami zamówień publicznych a instytucjami zamawiającymi, nie jest bowiem fakturą ustrukturyzowaną w rozumieniu przepisów ustawy o VAT.

2. Podatnik przez kolejne 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który została wykazana różnica podatku do zwrotu, był zarejestrowany jako podatnik VAT czynny oraz składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1-3 ustawy o VAT.

Uprawnienie do zwrotu w terminie 40 dni nie przysługuje zatem m.in. nowym podmiotom zarejestrowanym jako podatnicy VAT czynni, przez okres pierwszych 12 miesięcy funkcjonowania.

3. Podatnik w okresie 12 miesięcy poprzedzających okres wykazania różnicy podatku do zwrotu posiadał rachunek rozliczeniowy lub imienny rachunek w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej zawarte w wykazie, o którym mowa w art. 96b ust. 1.

W związku z tym, że preferencja jest oparta na weryfikacji rozliczenia podatku należnego podatnika (wymóg wystawiania faktur ustrukturyzowanych), wprowadzono – jako jedną z przesłanek szybszego zwrotu – warunek posiadania rachunku zawartego na tzw. białej liście – rachunek funkcjonujący w STIR.

Jako ratio legis tego rozwiązania należy wskazać, że wymóg posiadania przez podatnika rachunku przez 12 miesięcy przed złożeniem rozliczenia z wykazaną kwotą do zwrotu w terminie 40 dni zapewnia większą kontrolę automatyczną rozliczeń tego podatnika w minionych okresach i sprawdzenie, np. czy za wystawiane faktury podatnik otrzymuje zapłatę.

4. Kwota podatku naliczonego lub kwota różnicy podatku nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji do zwrotu w analizowanym okresie nie przekracza 3.000 zł.

Podobny wymóg funkcjonuje również w przypadku zwrotu VAT w terminie 25-dniowym. Wartość kwoty ustalona na poziomie 3.000 zł pozwala na wyeliminowanie ryzyka udzielania podatnikom prawa do zwrotu VAT w preferencyjnych terminach, w przypadku wykazania przez nich do zwrotu kwot podatku naliczonego lub różnicy podatku nierozliczonej w nieodległych poprzednich okresach rozliczeniowych (które nie podlegały weryfikacji).

Wskazana kwota zabezpiecza system VAT przed nadużyciami podatkowymi, a jej podwyższenie mogłoby zwiększać ryzyko nadużyć VAT. Podatnik dla uzyskania zwrotu w terminie 40 dni, podobnie jak przy innych zwrotach z ustawy o VAT, zaznacza odpowiedni znacznik w składanym rozliczeniu (JPK_V7/7K deklaracja + ewidencja) ze wskazaniem, że występuje z wnioskiem o zwrot VAT w terminie 40 dni.

Analizując wprowadzony 40-dniowy termin zwrotu VAT wobec istniejącej już możliwości przyspieszonego 25-dniowego terminu zwrotu VAT, należy zauważyć, że skorzystanie z tych dwóch preferencji generalnie łączy się ze spełnieniem innych warunków. Prawo do preferencyjnego zwrotu VAT w terminie 40 dni zasadniczo posiada ten podatnik, który wystawi faktury sprzedaży w systemie KSeF, czyli faktury ustrukturyzowane.

Należy podkreślić, że organy podatkowe przy dokonywaniu weryfikacji zasadności zwrotu VAT sprawdzają prawidłowość rozliczenia zarówno po stronie podatku należnego, jak i naliczonego. W przypadku podatnika, który będzie ubiegać się o preferencyjny zwrot VAT w związku ze spełnieniem głównego warunku, jakim jest wystawianie wszystkich faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem KSeF, organy podatkowe zobligowane są do rzetelnej weryfikacji faktur zakupu, jakie zostały rozliczone przez podatnika. Ta zasadnicza różnica wobec preferencyjnego 25-dniowego terminu zwrotu VAT determinuje wyznaczony 40-dniowy termin do dokonania zwrotu VAT.

Wprowadzona preferencja została wsparta możliwością odpowiedniego stosowania rozwiązań proceduralnych przewidzianych również dla innych terminów zwrotów VAT. Oznacza to, że w przypadku, gdy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika. W tym przypadku zastosowanie znajdują pozostałe zasady stosowane dla dotychczasowych terminów zwrotu VAT określone w ust. 2 zdanie drugie i trzecie, ust. 2a-2c oraz ust. 4a-4f.

Należy zauważyć, iż po złożeniu przez podatnika wniosku o zwrot podatku w terminie 40 dni dalsze działania urzędu skarbowego oparto na założeniu weryfikacji kryteriów skrócenia zwrotu z wykorzystaniem zasobów teleinformatycznych KAS, bez konieczności przekazywania przez podatnika dodatkowych informacji potwierdzających spełnienie wymaganych warunków dla dokonania tego zwrotu. Urząd skarbowy sprawdza spełnienie tych warunków na podstawie dostępnych informacji znajdujących się w posiadaniu urzędu.

Omawiane zmiany zostały wprowadzone w związku z opracowaniem od 2015 roku narzędzi analitycznych, jakimi dysponuje szef KAS. Zarówno JPK_VAT, jak i inne narzędzia uszczelniające system poboru VAT mają w założeniu zapewnić organom możliwość weryfikacji zasadności zwrotu VAT w zdecydowanie szybszym czasie. Weryfikacja danych w systemie teleinformatycznym obejmuje dostępne dane z zasobów teleinformatycznych szefa KAS – w tym w szczególności dane Centralnego Repozytorium KAS, STIR i JPK_VAT. Dzięki temu czynności związane ze zwrotem VAT wykonywane przez KAS w odniesieniu do podatników, którzy spełniają kryteria określone w nowych przepisach, mogą zachodzić szybciej.

Wyjątkowe rozwiązanie wprowadzone zostało dla faktur korygujących ustrukturyzowanych in minus (wyłącznie otrzymywanych przy użyciu systemu KSeF), od strony podatku naliczonego. Opiera się ono na pewności rozliczeń dokonywanych za pośrednictwem tego systemu. Stosowanie tego rozwiązania zapewnia zaistnienie tożsamego momentu korekty podatku należnego u sprzedawcy oraz podatku naliczonego u nabywcy.

Dzięki temu możliwe jest odejście od zasad korygowania podatku naliczonego, o których mowa w art. 86 ust. 19a. Zgodnie z tym przepisem w przypadku obniżenia podstawy opodatkowania, o którym mowa w art. 29a ust. 13, lub stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze, o którym mowa w art. 29a ust. 14, nabywca towaru lub usługi jest obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym warunki obniżenia podstawy opodatkowania dla dostawy towarów lub świadczenia usług zostały uzgodnione z dostawcą towarów lub usługodawcą.

O ile przed upływem tego okresu rozliczeniowego warunki te zostały spełnione. Jeśli warunki te zostały spełnione już po upływie okresu rozliczeniowego, w którym warunki te zostały uzgodnione, nabywca towaru lub usługi jest obowiązany do zmniejszenia VAT naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym warunki te zostały spełnione.

Jeżeli jednak podatnik nie obniżył VAT należnego o kwotę podatku naliczonego określonego w fakturze, której korekta dotyczy, a prawo do takiego obniżenia mu przysługuje – zmniejszenie kwoty podatku naliczonego uwzględnia się w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokonuje tego obniżenia.

Biorąc pod uwagę cel oraz istotę nowego rozwiązania opartego na bezpieczeństwie rozliczeń, jakie proponuje system KSeF (w chwili przesłania faktury do KSeF faktura jest uznawana za wystawioną, a otrzymanie faktury ustrukturyzowanej przy użyciu systemu KSeF następuje już w dniu przydzielenia tej fakturze numeru KSeF), istnieje uzasadnienie dla możliwości wprowadzenia obowiązku korekty z chwilą otrzymania faktury korygującej przy użyciu systemu KSeF. Moment otrzymywania faktur korygujących w postaci ustrukturyzowanej w KSeF rozumiany jako moment korekty VAT naliczonego dotyczy zatem wyłącznie przypadków, w których nabywca akceptuje otrzymywanie faktur korygujących w postaci ustrukturyzowanej, w tym systemie.

Nowo dodany art. 86 ust. 19c ustawy o VAT wprowadza zasadę, zgodnie z którą nabywca towarów lub usług, który otrzymuje fakturę korygującą ustrukturyzowaną zmniejszającą podstawę opodatkowania (przy użyciu systemu KSeF), ma obowiązek dokonania pomniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą w postaci ustrukturyzowanej. Wprowadzony przepis koresponduje z rozwiązaniem wprowadzonym w art. 29a ust. 15 pkt 5, wskazującym na brak obowiązku spełnienia dodatkowego warunku posiadania dokumentacji potwierdzającej uzgodnienie i spełnienie uzgodnionych warunków obniżenia podstawy opodatkowania.

Mając na uwadze szczególny sposób otrzymywania faktur w systemie KSeF, możliwe jest uzależnienie samej korekty podatku naliczonego od faktu otrzymania takiej faktury korygującej. Takie rozwiązanie zapewni symetryczność rozwiązań w zakresie rozliczania korekt zmniejszających podstawę opodatkowania po stronie podatku należnego oraz naliczonego.

Mogą wystąpić również sytuacje, w których sprzedawca wystawi fakturę korygującą ustrukturyzowaną (w systemie KSeF) dla nabywcy, który nie akceptuje tej formy otrzymywania faktur.

W takim przypadku uważa się, że sprzedawca spełnia nadal dyspozycję wynikającą z wyłączenia przewidzianego w art. 29a ust. 15 pkt 5 – tzn. prawo korekty podstawy opodatkowania lub podatku należnego powstanie w momencie wystawienia faktury, przy braku konieczności gromadzenia dokumentacji potwierdzającej uzgodnienie oraz spełnienie warunków obniżenia podstawy opodatkowania. Faktura korygująca dla nabywcy jest natomiast przekazywana w innej formie uzgodnionej z nabywcą.

Inaczej sytuacja będzie wyglądała od strony nabywcy, który nie wyraził akceptacji na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych, w systemie KSeF. W jego przypadku zastosowania nie znajdzie art. 86 ust. 19c, gdyż dotyczy on wyłącznie przypadków, w których podatnik akceptuje otrzymanie faktury korygującej ustrukturyzowanej, przy użyciu systemu KSeF.

Jeśli nabywca nie wyraził zgody na otrzymanie faktury ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF i faktura ustrukturyzowana została wysłana do niego w innej uzgodnionej formie, to wobec korekt podatku naliczonego dokonywanych przez tego podatnika znajdą zastosowanie zasady wynikające z art. 86 ust. 19a (korekta w okresie uzgodnienia warunków obniżenia podstawy opodatkowania lub warunków obniżenia kwoty podatku wykazanego na fakturze, pod warunkiem że doszło do spełnienia tych warunków).

Zgodnie z art. 112aa ust. 1 ustawy o VAT faktury ustrukturyzowane będą przechowywane w KSeF przez okres 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Do faktur ustrukturyzowanych nie będą miały zatem zastosowania przepisy dotyczące przechowywania i archiwizacji faktur, o których mowa w art. 112 i art. 112a.

Należy zauważyć, że przy korzystaniu z tego systemu to administracja podatkowa zapewnia przechowywanie wystawionych za jego pośrednictwem faktur (przez okres 10 lat, a więc w okresie, w którym większość zobowiązań podatkowych się przedawnia). Tym samym administracja podatkowa będzie posiadała natychmiastowy dostęp do tych faktur. Zatem niezasadne staje się żądanie udostępniania tych dokumentów przez podatnika. Funkcjonalność ta ułatwi kontrolę dokumentacji podatkowej, a jednocześnie odciąży podatników od obecnie wymaganego obowiązku np. w czasie prowadzenia postępowań wyjaśniających.

Z kolei zmiana w art. 193a Ordynacji podatkowej zwalnia podatników z obowiązku przesyłania na żądanie organów podatkowych struktury Jednolitego Pliku Kontrolnego dla Faktur (JPK_FA), w zakresie obejmującym faktury ustrukturyzowane wystawione przez podatnika lub podmiot uprawniony do dostępu do KSeF. Dane te będą dostępne dla organów podatkowych w KSeF, a zatem ich dodatkowe przesyłanie nie miałoby uzasadnienia. Ponadto stałoby to w sprzeczności z art. 45 ust. 2 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, zgodnie z którym organ KAS nie może żądać dokumentów i informacji, do których ma dostęp.

Podatnicy, którzy wystawiać będą wyłącznie faktury ustrukturyzowane, będą mogli skorzystać z dodatkowych preferencji w postaci skróconego do 40 dni terminu zwrotu VAT. Oczywiście w tym celu konieczne będzie spełnienie dodatkowych warunków wskazanych w art. 87 ust. 6c i 6d, czyli m.in. podatnik:

wystawiać będzie w całym okresie rozliczeniowym wyłącznie faktury ustrukturyzowane z wykorzystaniem KSeF,

przez kolejnych 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który została wykazana różnica podatku do zwrotu, będzie zarejestrowany jako podatnik VAT czynny oraz będzie składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje określone w art. 99 ust. 1-3 ustawy o VAT,

w okresie 12 miesięcy poprzedzających okres wykazania różnicy podatku do zwrotu będzie posiadał rachunek rozliczeniowy lub imienny rachunek w SKOK zawarty w wykazie, o którym mowa w art. 96b ust. 1 ustawy o VAT (tzw. białej liście).

Dodatkowo, aby skorzystać z tej preferencji, kwota podatku naliczonego lub kwota różnicy podatku nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji do zwrotu w analizowanym okresie nie będzie przekraczała 3.000 zł.

W celu uzyskania zwrotu VAT w terminie 40 dni trzeba będzie zaznaczyć odpowiednie pole w JPK_VAT z deklaracją ze wskazaniem, że podatnik występuje z wnioskiem o zwrot VAT w terminie 40 dni. Oczywiście w przypadku, gdy zasadność zwrotu wymagać będzie dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego będzie mógł również w tym przypadku przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika.